對預防腎結石非常有效
結石可以在泌尿道的任何地方形成，是一種堅硬的團塊，可能引起疼痛、出血、感染或尿流阻塞。結石較小時通常沒有症狀，但較大的結石可能會在背部肋骨與髖關節之間的區域引起劇烈疼痛。提高尿液中的檸檬酸鹽（一種弱酸）的水平，並使尿液更呈鹼性，可能有助於預防腎結石。
檸檬含有檸檬酸，有助於提高尿液中的檸檬酸鹽水平。包含檸檬的柑橘類飲料可以增加尿液中的檸檬酸鹽水平，從而最小化結石形成。然而，研究顯示，飲用量比飲料的種類對結果的影響更大。美國國家腎臟基金會建議，每天飲用4盎司（110~125毫升）的檸檬濃縮液，可能有助於預防腎結石。
強化心臟健康
檸檬富含維生素C和抗氧化物質，能夠強化心臟。適量攝取維生素C可以保護細胞免受活性氧的傷害，這有助於預防動脈粥樣硬化症（動脈內積聚斑塊），這是一種增加心臟病發作和中風風險的狀況。它還含有兩種被認為能降低膽固醇的植物化合物，分別是檸檬素和迪奧斯敏。
吃檸檬也會增加蔬菜的攝取量。根據2017年在英國進行的一項大型研究，水果和蔬菜的攝取量越多，心血管疾病、癌症以及各種原因引起的死亡風險越低。
細胞損傷防止
檸檬的抗氧化劑可以預防心血管疾病、慢性腎臟疾病、癌症以及慢性阻塞性肺疾病（Chronic Obstructive Pulmonary Disease, COPD）。這裡所提的COPD，是指由吸入有害顆粒或氣體引起的肺部異常炎症反應的呼吸系統疾病。
根據先前的研究，像檸檬這樣的柑橘類水果富含維生素C，這是一種能保護細胞免受活性氧損傷的第一道抗氧化劑。此外，它還有助於預防細胞損傷並增強免疫系統，因此在感到疲倦時食用柑橘類水果可以保護身體，並避免感冒等疾病。這些物質存在於檸檬的果肉中，但發現它們在果皮中的含量要高得多。
鐵質吸收強化
一個檸檬中含有超過30%的每日維生素C攝取量。維生素C不僅在鐵的吸收中扮演重要角色，還有助於降低心臟疾病的風險。這有助於更好地吸收在植物、麵包、穀物等鐵強化食品中發現的非血紅素鐵蛋白（non-heme iron protein）。
只吃檸檬也可以，但建議搭配富含鐵質的食物一起食用。例如，牡蠣。將檸檬與牡蠣一起食用，不僅有助於鐵的吸收，還能去除牡蠣的腥味。
食用檸檬時的注意事項
放在飲料或食物中的檸檬，隨意食用都不會有危險。然而，專家指出，像檸檬濃縮液這類產品，有些是未經醫學驗證的產品，因此在攝取量上應該謹慎。有些人可能對柑橘類水果反應敏感。此時，可以將檸檬汁塗在嘴唇上，等待一段時間後觀察反應，以了解自己是否有過敏反應。
檸檬的酸度較高，可能會腐蝕牙齒。檸檬汁的pH值為2.2，是一種強酸性物質，長時間接觸牙齒會導致牙齒腐蝕。為了避免牙齒腐蝕，建議在食用檸檬後30分鐘再進行刷牙。由於口腔內酸性環境經由自我調節作用約需30分鐘才能恢復到原本的鹼性狀態。