豆芽在生長過程中會產生豆子中沒有的維生素、天門冬氨酸等營養成分，在營養價值上優於黃豆。它能強化肺部和呼吸道，預防感冒，幫助排出有害物質。還能增強對各種病毒的抵抗力。
豆芽的頭部富含維生素B1，莖部含有維生素C，根部則含有大量的天門冬氨酸。維生素B1參與體內能量代謝與活化，有助於增強免疫力。它有助於預防心臟疾病、眼疾等各種疾病。
綠豆芽的維生素C含量為每100克8毫克，約佔成人每日建議攝取量的8%，且比其他蔬菜的含量更高。根據《東醫寶鑑》，綠豆芽被認為是“全身沉重、麻木或肌肉與骨骼疼痛時的治療藥物，具有抑制炎症和退熱的卓越效果”。實際上，綠豆芽中的維生素C作為體內的抗氧化物質，具有多種功能，包括促進身體組織的形成和幫助小腸吸收鐵質。對感冒和貧血有益。
豆芽中的天門冬氨酸成分被認為有助於解酒。因為天門冬氨酸可以去除導致宿醉的乙醛。這也是為什麼很多人會喝豆芽湯來解酒的原因。天門冬氨酸在根部最為豐富。天門冬氨酸的含量約為每100克1101.56毫克。因此，烹調時最好將根部一同放入一起煮。
豆芽的鉀和纖維素也是預防高血壓和便秘不可或缺的重要成分。每100克豆芽含有298毫克的鉀。鉀有助於排出體內的鈉，預防和緩解高血壓。膳食纖維（每100克4.3克）也很豐富，能幫助排出積存的糞便。膳食纖維在大腸內與水結合，使糞便變得柔軟並增加體積，從而提高排便次數和糞便量，有助於改善便秘。
豆芽即使煮得較久也不會變軟，但由於對熱敏感，建議輕輕處理後稍微熟食。尤其是豐富的維生素C在烹調過程中會大量破壞，建議在2到3分鐘內加熱烹調。
挑選豆芽時，應選擇適度有彎曲而不是過於筆直的，這樣吃起來也比較好。洗滌時要輕輕在冷水中搖晃，避免碎裂，並倒入足夠淹沒豆芽的水，然後煮沸。水一旦開始沸騰，就一定要蓋緊蓋子，這樣煮熟後的腥味才不會太重。
在烹調豆芽時，利用大蒜和鹽可以輕鬆去除腥味。如果豆芽煮得不當，可能會產生更濃的腥味。豆芽的腥味揮發性很強，加熱時可以消除，但在沸騰前打開蓋子排出蒸氣，腥味會變得非常嚴重。這時候也可以加入少許大蒜和鹽來煮，即使打開蓋子排氣，也不會有腥味，味道和氣味都會變得更好。在保存豆芽時，最好不要打開包裝，保持原狀冷藏保存。